發展生物能源可能引發亂砍濫伐森林，給環境帶來比使用化石燃料更嚴重的後果。此外，大面積種植少數幾種生物能源作物不但要消耗大量水和土壤養分，而且可能影響生物多樣性。這些負面影響有可能抵消使用生物能源在減少溫室氣體排放方面的正面效果。在環保方面，對生物燃料的需求加速了伐林墾地，特別是在東南亞國家。這將破壞生態平衡，可能造成二氧化碳排放量的增加。
此外，“種植單一作物可能影響生物多樣性，導致土壤中的養分流失”，提醒投資生物燃料生產應該謹慎，在國家、地區等層面上避免引發新的環境問題“造成無法挽救的後果”。
報告舉例說，激增的棕櫚油需求已經導致東南亞的熱帶雨林遭到破壞。在溫室氣體排放量方面，這種砍伐造成的後果可能比使用化石燃料更加嚴重。
樹林被砍伐作為耕地可能影響生態平衡
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